L’efficience alimentaire (EA) est un important caractère d’intérêt agronomique. La variation de l’EA dans une population est principalement due à la variation d’expression de gènes, elle-même due à des variants qui les régulent en cis. Cette thèse avait trois objectifs interconnectés.Le 1er était d’étudier les tissus et gènes impliqués dans la différence d’EA entre deux lignées de pondeuses divergentes pour ce caractère. Nous avons étudié pour cela les transcriptomes de quatre tissus (tissu adipeux, sang, hypothalamus et foie) à l’aide des possibilités offertes par le RNA-seq, technologie de séquençage des ARN.Le 2e objectif était de contribuer à l’annotation fonctionnelle du génome de la poule, en enrichissant son annotation en gènes d’ARN longs non-codants, d’importants régulateurs de l’expression. Nous avons également détecté les SNP par RNA-seq, étape nécessaire à la mise en place d’un pipeline permettant l’étude de l’expression allèle-spécifique, un marqueur des cis-régulation.Le 3e objectif combinait les résultats des travaux précédents afin d’identifier des gènes candidats causaux de la variation d’EA, en raison d’un variant impactant la structure de l’ARN ou protéine associée, ou bien d’un variant cis-régulateur.