Thèse Année : 2023

Study of spatial heterogeneity of anatomo-pathological sections by machine learning and statistical approaches : application to osteosarcoma

Étude de l'hétérogénéité spatiale de coupes anatomo-pathologiques par machine learning et approches statistiques : application à l'ostéosarcome

Anthony Mancini
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1510801
  • IdRef : 251194566

Résumé

Osteosarcoma (OST) is the most common primary bone cancer that mainly affects children and young adults. OSTs are characterized by anarchic bone production by tumor cells, associated with high genomic complexity resulting in spatiotemporal heterogeneity of the tumor and its microenvironment. The resulting intra-tumor and inter-individual heterogeneity is explored at different genetic, molecular, tissue or macroscopic scales. With the aim of proposing personalized therapeutic strategies, the processing of these multiscale data by numerical techniques such as AI or image-based modeling, is a rapidly growing research field. This thesis is in line with this approach by assuming that at the microenvironment scale, the tumor tissue can be considered as a reactive multiphase porous medium evolving in space and time. This complex tissue geometry includes continuous bone, fluid and vascular phases and discrete phases of cell populations involved in tumor development and immune response. The objective of this work is to propose new statistical methodologies and associated numerical tools allowing, from routine clinical histological and immunohistochemical images with a sub-cellular spatial resolution, to establish a quantification of the intra and inter-tumoral heterogeneity of the OST at the tissue scale. This interdisciplinary work is built on the collaboration between the Institut de Mécanique des Fluides de Toulouse et and the Institut Universitaire du Cancer de Toulouse. \\The first part presents the clinical context and the histological imaging techniques allowing to define the scientific questions associated with this thesis. Image segmentation methodologies based on machine learning methods are then developed. The next step of the work focuses on the research of linear and non-linear filters for the improvement of the segmentation obtained by machine learning method alone. These developments, based on an analytical approach, allow to interpret, in a relevant way, the filters obtained by algorithms such as Support Vector Machine. The third part of the work proposes metrics for image characterization, inspired by geostatistics. Local correlation maps associating the properties of the porous microarchitecture and the distribution of immune cell populations such as macrophages and lymphocytes are established. The relevance of the developed methodologies is evaluated on a cohort of eight patients with OST and the spatial heterogeneity of the response to treatment is explored. Finally, the numerical tools developed in this thesis are used for the mechanobiological exploration of the heterogeneity of the microenvironment, by studying the elastic and transport properties of the medium. In conclusion, the methodology developed in this thesis has allowed to quantify the architectural complexity of the tumor microenvironment, in association with the distribution of immune cells, allowing the exploration of specific markers of resistance to treatments. This original approach, to our knowledge, also allows the quantification of mechanobiological phenomena from routine examinations, and could contribute to the identification of patient-specific therapeutic targets.
L'ostéosarcome (OST) est le cancer osseux primaire le plus fréquent qui touche principalement les enfants et les jeunes adultes. Les OST sont caractérisés par une production anarchique d’os par les cellules tumorales, associée à une grande complexité génomique entraînant une hétérogénéité spatio-temporelle de la tumeur et de son microenvironnement. L'hétérogénéité intra-tumorale et interindividuelle qui en résulte est explorée à différentes échelles de types génétique, moléculaire, tissulaire ou macroscopique. Le traitement de ces données multi-échelles par des techniques numériques telles que l’IA ou la modélisation basée sur l’image, dans le but de proposer des stratégies thérapeutiques personnalisées, est un domaine de recherche en plein essor. Ce travail de thèse s’inscrit dans cette démarche en prenant pour hypothèse qu’à l’échelle du microenvironnement, le tissu tumoral peut être considéré comme un milieux poreux multiphasique réactif évoluant en espace et en temps. Cette géométrie tissulaire complexe associe des phases continues osseuse, fluide et vasculaire aux phases discrètes des populations cellulaires impliquées dans le développement tumoral et dans la réponse immunitaire. L’objectif de ces travaux est de proposer de nouvelles méthodologies statistiques ainsi que les outils numériques associés permettant, à partir d’images histologiques et immunohistochimiques de routine clinique et ayant une résolution spatiale sub-cellulaire, d’établir une quantification de l’hétérogénéité intra et inter-tumorale de l’OST à l’échelle tissulaire. Ce travail interdisciplinaire est bâti sur la collaboration entre l’Institut de Mécanique des Fluides de Toulouse et l’Institut Universitaire du Cancer de Toulouse. L’état de l’art présente le contexte clinique et l’appropriation des techniques d’imagerie histologiques permettant de définir les questionnements scientifiques associés à cette thèse. Les méthodologies de segmentation d’images basées sur des méthodes d’apprentissage machine, sont par la suite développées. L’étape suivante du travail s’attache à la recherche de filtres linéaires et non linéaires pour l’amélioration de la segmentation obtenue par méthode d’apprentissage machine seule. Ces développements basés sur une approche analytique permettent en particulier d’interpréter de manière pertinente les filtres obtenus par des algorithmes du type Support Vector Machine. La troisième partie des travaux de recherche propose des métriques de caractérisation des images; métriques inspirées de la géostatistique. Des cartes de corrélations locales associant les propriétés de la microarchitecture poreuse et la distribution des populations cellulaires immunitaires, macrophages et lymphocytes, sont établies. La pertinence des méthodologies développées est évaluée sur une cohorte de huit patients atteints d’OST et l’hétérogénéité spatiale de la réponse au traitement est explorée. En dernier lieu, les outils numériques développés dans cette thèse sont utilisés pour l’exploration mécanobiologique de l’hétérogénéité du microenvironnement, et ceci concerne l’étude des propriétés élastiques et de transport du milieu. En conclusion, la méthodologie développée dans cette thèse a permis de quantifier la complexité architecturale du microenvironnement tumoral en association à la distribution des cellules immunitaires permettant l’exploration de marqueurs spécifiques de résistance aux traitements. Cette approche originale à notre connaissance, permet de quantifier les phénomènes mécanobiologiques à partir d’examens cliniques établis en routine. Elle peut contribuer à terme, à l’identification de cibles thérapeutiques spécifiques aux patients.
Fichier principal
Vignette du fichier
Anthony_MANCINI_2023.pdf (93) Télécharger le fichier
Origine Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-04958910 , version 1 (20-02-2025)

Identifiants

  • HAL Id : tel-04958910 , version 1

Citer

Anthony Mancini. Étude de l'hétérogénéité spatiale de coupes anatomo-pathologiques par machine learning et approches statistiques : application à l'ostéosarcome. Dynamique des Fluides [physics.flu-dyn]. Institut National Polytechnique de Toulouse - INPT, 2023. Français. ⟨NNT : 2023INPT0068⟩. ⟨tel-04958910⟩
0 Consultations
0 Téléchargements

Partager

More